Em muitas áreas da ciência, uma questão específica é analisada através da experimentação direta. Por exemplo, suponhamos que gostaríamos de saber o que poderia acontecer com a capacidade das árvores da floresta tropical de extrair água do solo e liberá-la para a atmosfera sob um clima mais quente. Nesse caso, poderíamos realizar alguns experimentos (isolando algumas parcelas de árvores e mudando apenas a temperatura do ar) e fazer algumas medições das taxas de evaporação. No entanto, algumas questões não podem ser abordadas a partir de experimentação real. Uma dessas questões é o que pode acontecer com o clima se a floresta amazônica for substituída por pastagens ou terras cultivadas. Simplesmente, é impossível desmatar uma parte da Amazônia para descobrir o que acontece com o clima regional sem perder a abordagem preventiva implícita na própria pergunta. Nesses casos, os cientistas usam modelos para realizar experimentos indiretos. Um modelo computacional representa uma parte do mundo de forma simplificada, geralmente expressa em linguagem matemática.

A trabalho recente utilizou um desses modelos para avaliar o impacto do desmatamento na conectividade hidroclimática Amazônia-Andes (ver figura abaixo).

Os autores tentaram entender como o desmatamento em grande escala (uma simulação onde 45% da floresta foi desmatada) poderia afetar o clima regional durante a estação úmida da Amazônia, entre dezembro e fevereiro.

Constatou-se que uma redução de até 20% da precipitação seria  induzida pela perda de floresta na maioria das planícies amazônicas durante o dia. No entanto, os impactos significativos estariam localizados na parte sudoeste da bacia, na área de transição das planícies amazônicas para os Andes tropicais. Nesta região, devido a uma redução no transporte de umidade, a precipitação noturna seria  reduzida entre 20-30%. Estas alterações de chuva e circulação atmosférica afetariam os ricos e frágeis ecossistemas andinos e as geleiras tropicais.