O tronco Tupi é caracterizado por um grande número de falantes que habitam uma ampla área geográfica da América do Sul. O Tupi-Guarani é o seu ramo mais abrangente. A língua Guarani atualmente apresenta uma grande distribuição geográfica, com falantes no Brasil, Argentina, Paraguai, Bolívia, Peru, Venezuela e Guiana Francesa. Vale ressaltar que os falantes do Guarani alcançaram os limites mais ao sul da dispersão Tupi. A respeito da origem e a expansão do Tupi, sabemos que um centro comum de origem amazônica e a diferenciação Tupi ocorreu por meio de processos históricos e culturais distintos. A diferenciação Tupi decorre do surgimento de várias línguas dentro do tronco Tupi a partir de uma língua ancestral comum, o chamado proto-Tupi. Informações linguísticas sugerem que a origem Tupi ocorreu na margem sul do Rio Amazonas, próximo à bacia do Madeira-Guaporé, enquanto os dados arqueológicos apontam para uma região mais ao norte, na confluência dos rios Madeira e Amazonas. Dados morfológicos também indicam uma origem amazônica para o grupo Tupi.

          A expansão dos falantes do Tupi, que ocorreu cerca de 6.000 a 2.000 anos atrás, é considerada uma das maiores e mais bem-sucedidas migrações identificadas em nível continental. Essas pessoas eram conhecidas pela fabricação de utensílios de cerâmica e foram descritas como agricultores qualificados. Os falantes do Tupi transformaram com eficiência a floresta em áreas produtivas. Devido a essas características, o melhor termo para esses deslocamentos populacionais não seria migração e sim expansão, conquistando novas regiões sem abandonar a região anterior. O motivo da saída do povo Tupi da fronteira com a Amazônia, no entanto, pode ter sido por motivos múltiplos: pressões demográficas e/ou socioculturais, busca por novas terras cultiváveis e/ou secas prolongadas.

          A origem do tronco linguístico Je, ao contrário, acredita-se ter ocorrido em uma área entre os rios São Francisco e Tocantins e pode ter se originado mais ou menos na mesma época que o Tupi. Alguns pesquisadores sugerem que Tupi e Je teriam se separado a partir de uma língua ancestral em comum cerca de 7.000 a 5.000 anos atrás. A maioria das comunidades de língua Je está localizada nas regiões central e oriental do planalto brasileiro, e um movimento importante para o sul ocorreu cerca de 3.000 anos atrás. No entanto, a dispersão dos Je parece ser diferente do padrão seguido pelos Tupi.